Химическая структура нуклеотидов

Обозначения полиморфных нуклеотидов

Символ Обозначает Объяснение G G Guanine A A Adenine T T Thymine C C Cytosine R A или G puRine Y C или T pYrimidine M A или C aMino K G или T Keto S C или G сильное /Strong/ взаимодействие - три водородные связи W A или T слабое /Weak/ взаимодействие - две водородные связи H (A, C, T) но не G H следует за G в алфавите B (C, G, T) но не A B следует за A в алфавите V (A, C, G) но не T(U) V следует за T(U) в алфавите D (A, G, T) но не C D следует за C в алфавите N (A, G, C, T) любое основание / Nucleotide





Молекулярный вес нуклеиновых киcлот

base= 324.5Da
base pair = 649Da
ribo base = 340.5Da
1kb ds DNA (Na) = 6.5x10⁵Da
1kb ss DNA (Na) = 3.3x10⁵Da
1kb ss RNA (Na) = 3.4x10⁵Da
размер: на 1Angstrom приходятся 1.05 оснований.





Конверсия: масса -> моли (NA)

1µg/ml DNA = 3.08µM фосфатов
1µg/ml 1kb фрагмента = 3.08nM 5’-концов
1µg 1kb фрагмента = 1.54pmol = 9.3x10¹¹молекул
1µg 1kb фрагмента = 3.03pmol 5’-концов
1pmol 1kb фрагмента = 0.65µg