Привет всем !!!
Установил Modeller на Windows и хочу его использовать для гомолоджи моделинга. Распечатал руководства с сайта и статьи, но ясней не стало пока.
Там нужно иметь для запуска 3 файла, как я понял. Один это .pdb а вот что делать в двумя еще.
В руководстве рекомендуют использовать какие-то примеры. Я их еще не нашел.
Буду признателен за любую помощь.

Еще два файла - это выравнивание и скрипт *.py.

Ищите, читайте, будут вопросы - обращайтесь.

Привет всем.
Как я понял, сначала нужно создать файл .txt с таргет (желаемым) сиквенсом назвать его name.ali

Типа этого:

>P1;TvLDH
sequence:TvLDH:::::::0.00: 0.00
MSEAAHVLITGAAGQIGYILSHWIASGELYGDRQVYLHLLDIPPAMNRLTALTMELEDCAFPHLAGFVATTDPKA
AFKDIDCAFLVASMPLKPGQVRADLISSNSVIFKNTGEYLSKWAKPSVKVLVIGNPDNTNCEIAMLHAKNLKPEN
FSSLSMLDQNRAYYEVASKLGVDVKDVHDIIVWGNHGESMVADLTQATFTKEGKTQKVVDVLDHDYVFDTFFKKI
GHRAWDILEHRGFTSAASPTKAAIQHMKAWLFGTAPGEVLSMGIPVPEGNPYGIKPGVVFSFPCNVDKEGKIHVV
EGFKVNDWLREKLDFTEKDLFHEKEIALNHLAQGG*

Правильно?

В общем, правильно. Только файл потому и ali, что в нем выравнивание последовательностей желаемой и шаблонов. Потому там должно быть что-то вроде:
>P1; XXXXX
sequence:.......
AAAAAAAAAAAAAAAA*

>P2; XXXXXXXXXXXX
StructureX(это если X-RAy структура, что, впрочем, не особо важно - влияет только на параметры первичной динамики):...............
BBBBBBBBBBBBBBBBB*

Вообще же на сайте modeller лежит прекрасный мануал, в котором описано, что должно быть в ali-файле. Как писать сами скрипты там, правда, описано так себе.

Может Вам прислать примерчик? Типа, файлы, которые были использованы для получения модели? Вы их посмотрите и сделаете выводы, м?

Спасибо большое за ответ !!!

Примерчики - это замечательно. Буду очень признателен. на mbfrb@rambler.ru
Я распечатал прокатически все что на сайте есть. Но не все сразу понятно.

1) Как превратить файл .txt в name.ali? Простым сохранением или специальная команда?
2) В этот файл нужно внести таргет сиквенс и оригинальный сиквенс какого-то PDB файла? И видимо одинаковая длина сиквенсов и наличие пробелов не проблема?

так в тьюториале есть примеры, можно их посмотреть.

1) простым сохранением. Это и есть по своей сути текстовый файл.
2) каких пробелов? %)

вообще, самое простое - это сделать входные файлы как здесь:
http://salilab.org/modeller/manual/node14.html

вместо
5fd1 пишите название pdb-файла, вместо 1fdx - название своей последовательности

env.io.atom_files_directory = './:../atom_files' можно не писать, если все файлы в одной папке

в выравнивании в подзаголовках достаточно написать названия и structureX/sequence, остальные поля оставить пустыми.

Длина выравненных сиквенсов должна быть одинакова - сводите до одинаковой длины пробелами (прочерками, то исть). Примеры пришлю=)

Спасибо.

То есть независимо от того с какого места они начинаются все structureX должны быть одной длины. Например 200 ак?

Можно подгонять так А-----------*
как я понял?

Если структура не Хрэй а NMR ничего не ставить?

А MODELLER Server for Comparative Protein Structure Modeling туже работу делает что и программа на компе или хуже или лучше?

1. Правильно поняли.
2. Тогда structureN
3. то же, но независимо от Вас. и влияние на это у Вас мало. Резалты лежат в ModBase. Ваши и чужие тоже.

Юджин, у меня складывается впечатление, что Вы не совсем понимаете, что такое выравнивание в случае моделирования по гомологии. Буду рада, если я не права.

1) Может быть и не совсем точно понимаю. Раньше были другие задачи.
Как я понимаю нужно закинуть сиквенс в BLASTp например и выбрать PDB датабазу. Лучше без CD. Потом откроется картинка со списком файлов и можно посмотреть насколько выбранные протеины и как соотносятся по сиквенсу с моим.
Можно это делать и в других программах.
Пока не знаю какя лучшая и в тже времы проще. Пока пользуюсь только BLASTp.

Thanks a lot !!!

и еще вопрос.

Шаги
1. Searching for structure related.........
2. Selecting a template

Нужно делать с Моделлером или можно/лучше в других прогах и сразу перейти к Model evaluation?
Или это не пройдет.

Где найти простые ясные определения на русском что такое выравнивание и тд.
Я почти всему научился сам с поддержкой конечно экспертов но на хороших программах.
Теперь нужно работать с прогами без интерфэйса.
Всего.

Юджин, советую genesilico.pl/meta для шагов 1 и 2.
Не ищите простые определения на русском, ищите хорошие статьи на английском. Без понимания принципов работы программ Вы будете получать не совсем то что надо. Кстати, Modeller - не просто хорошая программа, а лучшая в своей области.

Спасибо !!!
Я потому и взялся за нее что лучшая. Она работает в InsightII.

Но возник другой вопрос.
Я создал файл .ali и файл .py точно как показанов в туториалсе.
1) Имеет ли значение сохранил я их как .txt или .doc а потом заменил на .ali и .py?
2) Файл .py целиком скопировал с вебсайта и только заменил имя файла в нем.
3) Запустил Моделлер и задал команду profile.build(мой файл.py);

но прога говрит что команда не рекогнайзед.
Где ошибка или много ошибок?

Да и еще я кинул свои файлы в папке в ProgramFiles>Modeller8v2

Спасибо.

Юджин, все файлы должны быть текстовые, так что никакого ворда и подобных редакторов. Редактируйте в notepad. И читайте документацию внимательно!

Спасибо.

А что с командой profile.build(мой файл.py)?
Это правильно?
Тут самый темный момент.
Имеет ли значение сбросить файлы в фолделе или отдельно файлы в ProgramFiles>Modeller8v2 ?

Я раньше с этим не сталкивался.

Я не знаю как в виндовой версии, но вообще все команды должны быть в файле *.py
Кстати, раз Вы собираетесь серьезно заниматься моделированием, Вам лучше использовать линукс.

вообще для моделлера абсолютно всё имеет значение: пробелы, символы перевода строки, регистр символов, наличие альтернативных конформаций в файле шаблона...
и все команды действительно должны быть в файле скрипта...
Кстати, Вы делали тюториал? если его сделать, всё сразу будет понятно

Да... я-то всегда думал, что у моделлера простой и интуитивно понятный интерфейс...

Starless, угу, ему бы еще чуть более информативные сообщения об ошибках

Спасибо Большое.

Теперь Моделлер работает по Винд и под Лин. Пока говорит и там и там что синтакс ошибка видимо что-то с файлами?

Возможно, что есть какие-то проблемы в файле скрипта -- питон чувствителен к indentation, то есть, грубо говоря, к расстановке пробелов.
Кроме того, возможно, надо воспользоваться волшебной команодой dos2unix -- там же разные символы перевода строки.
Разберитесь на примере тюториала, самого простого, первого...

Thanks a lot !!!

Пошел по туториалу. Не избежать.

1) Если с BLAST я нашел другие файлы которые не нашел Моделлер с Блосум62 могу я подсунуть имена этих файлов в compare.py файл и как их назвать
nameA ????
2) Один за другим по мере удаления прога бракует файлы которые сама и нашла. Хотя я знаю что этот файл использовался в гомол моделинге этого протеина. Что происходит?

Extensions : :.atm:.pdb:.ent:.crd
rdabrk__288W> Protein not accepted: 3 1s3xA
malign3_682E> Structural information is not available for all sequences
in the alignment. Aborting.

3) Укоротить исходный сиквенс? Или надобавлять пробелов в сиквенсах кристаллических структур которые хочу использовать?
Как их назвать если М их не выбрал? Просто nameA ????

выравнивание и пдб-файл должны соответствовать друг другу. Моделлеру плевать на поле SEQRES, он читает только поле ATOM из пдб-файла. Если соответствующей ак или последовательности нет в пдб-файле (т.е. в структуре она, например, не решена) -- её не должно быть и в выравнивании. Только добавлять надо не пробелы, а дефисы.

Спасибо.

1) А как он ищет кристалл структуры? Для моего сиквенса их очень много и есть очень близкие, но М нашел только 6 (их всего не меннее 20).
Он обращается к какой-то базе данных ???

2) Может проще самому скидать пдб файлы в папку да указать М путь туда пусть там ищет?
Как ему указать путь в папку?

3) Что с файлами РIR ??? Я и не вижу в примерах, в том что мне прислали (спасибо) и мой М тоже его не сделал.
После третьего шага должно быть два вида файлов PAP и PIR и роследний как я понял используется для построения модели в 4ом шаге?

4) Как я понял М выбирает template а не создает его. то есть я могу сделать этот выбор и без него - найти 1 лучший кристалл для постороения? В базовом примере.

5) Если после Searching for structure М присвоил разные буквы (А, В,) а другим не присвоил то так и использовать их дальше?

6) Когда делал multiple temolate то всем структурам дал букву А независимо от того какую дал М и прошло. Но структуру которой не дано буквы не смог запустить. Что не ставил в salign.py файл не прошло и пустым оставлял. Что тут делают обычно? И на что эти буквы влияют?

Для выравнивания я использовал ClustalX, задача поиска шаблонов бластом у меня не возникала.
Если использовать несколько шаблонов, моделлер будет усреднять структуру.
Ответ на остальные вопросы есть в мануале

Если несколько сиквенсов с лигандами загрузить как моделлер поступит?
Или это не пройдет?

Еще странный вопрос для программистов от биолога.

Качнул фолдер gnuplot-4.2.rc1.tar.gz для gnuplot-current чтобы получить куртинку для оценки моделей но что-то она не запускается.
Что там нужно сделать? Или что там проще и удобней для тупого юзера скачать?

Практический вопрос:

Что эти цифры показывают

for ids in (('NH1:161', 'O1A:336'),
('NH2:161', 'O1B:336'),
('NE2:186', 'O2:336')):
rsr.add(atom_ids=ids, restraint_parameters=(2, 1, 1, 22, 2, 2, 0, 3.5, 0.1))

если их не трогать в файле на что это повлияет при построении модели в лигандом?

В примере показано наложение участка байндин сайта на сиквенс модели, если один файл и нормальным сиквенсом и с лигандом сразу как там с hetatm поступать?

Еще конечно много вопросв но пока хватит одного.

Как решить какая модель лучшая? М дает 5 pdb файлов а потом evaluation.log файл но как там найти какой из 5 лучший пока не понял.

Спасибо за любую информацию.

Юджин, Modeller выдает столько моделей, сколько попросите, и если Вы не знаете какая модель лучше, берите первую. И прочитайте наконец документацию!!

Спасибо за ответ.

Я понимаю что все заняты. Но занялся этой программой потому что нужно быстро построить одну модель. Если нет времени можно не отвечать. Но для этого и сайты чтобы общаться. Все мы по разному мыслим.
Как только вопрос отпадает я его убираю сразу.

Юджин, Вы бы сразу сказали, что Вам надо быстро построить одну модель и не возвращаться потом к этой программе.
Какой процент гомологии между шаблоном и последовательностью? Какой размер гепов? Для чего предполагается использовать модель? Есть ли какие-то экспериментальные данные, которые можно использовать для проверки правильности модели? Белок глобулярный или мембранный?

Спасибо.

Собираюсь и потом использовать М но задачу нужно решить быстро.

Гомология для двух файлов. М не находит второй из них. Только первый и другие.
For human HSC70 (1S3X.pdb): Score = 489 bits (1259); Identities = 244/363 (67%); Positives = 305/363 (84%); Gaps = 3/363 (0%)
For bovine HSC70 (3HSC.pdb): Score = 497 bits (1279); Identities = 269/383 (70%); Positives = 322/383 (84%); Gaps = 3/383 (0%).

В каждом из них есть лиганд ATP или ADP+PO4 в одном и том же месте.
Мне нужно сохранить этот лигадн (лучше АТР из 1s3x.pdb) и прогнать несколько лигандов в это место и оценить.
Эксперимент данные с делециями уже опубликованы в Cancer research и связывание в этом месте однозначно показано.

Спасибо за любую помощь.

Нда... Для быстрого построения моделей есть swissmodel.expasy.org... А если им уметь пользоваться - то еще и очень даже ничо так модели он варганит

Вобщем-то все уже пошло нормльно. Спасибо за поддержку.
Ну тут я подзастрял на файле TvLDH_1emd_bs.ali
Шел со своими файла по туториалу и не могу понять откуда его взять.
Может тупо не вижу. Такое бывает от перегрузок.
Вы делали гомол моделинг с сохранением оригинального лиганда?

Долго учиться всем прогам сразу. Лучше уж не М повисеть а потом пойдет.

Первый стопор был из-за того что файлы делал в Виндовс и простая подсказка про использование только блокнота сильно помогла.

Юджин, у Вас высокий уровень гомологии, так что можно не беспокоиться по поводу качества модели, смело берите первую. О файле с выравниванием - смотрите начало темы, Вам там подсказали как его сделать. Шаблон выбирайте сами, вообще-то моделлер для этого и не предназначен. Насчет оригинального лиганда не беспокойтесь, при таком уровне гомологии сайт связывания скорее всего никуда не денется.

Спасибо большое !!!

Что такое
Indentation error: expected an indented block
В М разумеется?

Юджин, это связано с синтаксисом скрипта. Почитайте немного про indent'ы в питоне.

ПРИВЕТ ВСЕМ.
ЛОГФАЙЛ В КОНЦЕ ВЫДАЕТ ЭТО. КАК Я ПОНИМАЮ ОН ТУТ ОБЪЯСНЯЕТ ЧТО НЕ ТАК, НО НЕ ПОНИМАЮ ПОЧЕМУ М НЕ МОЖЕТ ПРОЧИТАТЬ ЭТУ СТРУКТУРУ?


1 1s3xA 377 2 1s3xA
2 ФФФФ 379 2 ФФФФ
runcmd______> alignment.check()

check_a_343_> >> BEGINNING OF COMMAND
openf5__224_> Open 11 OLD SEQUENTIAL 1s3xA.pdb
rdpdb___303E> No atoms were read from the specified input PDB file, since the
starting residue number and/or chain id in MODEL_SEGMENT (or
the alignment file header) was not found;
requested starting position: residue number " 3", chain " "
rdabrk__288W> Protein not accepted: 1 1s3xA
check_a_337E> Structure not read in (please consult the log file
for more details): 1 1s3xA

может дело в том, что Вам надо указать цепь "A", а не " "?

Thanks.
А как указать цепь и амино/кисл здесь?
Это был логфайл от этого файла.
Что-то видимо совсем чуть-чуть не склеивается.

from modeller import *
from modeller.automodel import *
log.verbose()
env = environ()
env.io.hetatm = True

a = automodel(env, alnfile='061026A_GRP78_bs.ali',
knowns=('1s3xA'), sequence='GRP78')
a.starting_model = 1
a.ending_model = 3
a.make()

Нужно ли ставить /..w* в конце сиквенсов для сохранения лиганда в пдб файле?
Или это только для воды?
Протеин я постороил, но лиганда пока нет.

цепь указывается в файле выравнивания
/..w* ни разу не ставила, наверное это для воды

Отредактировать конечно можно. Но не совсем понятно это дамский салон или среда для рабочего общения?

Очень хочется добавить почему-то.

Знаю людей которые считают губительным и порочным присутствиие женщин в науке. Если они попросят заменить женские имена на мужские на этом сайте нельзя ли это сделать?
Попробуйте уважать все мнения.

Юджин, не могли бы Вы отредактировать Ваше сообщение? Текст, написанный большими буквами, раздражает и вызывает негативное отношение к его автору.

Может ли Моделлер распознавать фосфорилированные и нефорфорилированные белки?
То есть можно ли взять файл кристалической структуры белка добавить фосфатную группу (или другию) и получить/увидеть трехмерные изменения белка?
Какой софт может делать это?

Спасибо за любой ответ.

Спасибо за совет.
Но главное в вопросе это 3D изменения в протеине. Как я понимаю все останется без изменений.
Или есть хороший опыт с 3D симуляцией после присоединения фосфорильной группы?

Привет, спасибо за ответы.
Charmm силовое поле на программе NAMD может делать такую работу как мне подсказал консультант. Но это пока не для меня и эта прога очень большая.
А с чем вы работаете если не с кристалами?

Нда.

Вам нужен не Modeller a swissmodel.expasy.org

Если Вы никогда не писали скриптов в unix-ах, время ПРАВИЛЬНОГО моделирования в Modeller-e будет месяцы.

У Вас отсутствует систематический подход к решению задач. Для такого уровня - только свиссмодел, только через онлайн-запрос и только после чтения FAQ.