Здравствуйте, коллеги.

Подскажите, какую нужно использовать программу для извлечения последовательностей, консервативных между видами? У меня целая выборка генов. 300 шт. Нужно получить гомологичные между видами районы промоторов. Как это провести в автоматическом режиме?

Всем заранее спасибо :)

Посмотрите сюда: http://genome.lbl.gov/vista/rvista/submit.shtml
и ещё сюда: http://wingless.cs.washington.edu/htbin-po...rinterInput2.pl
(ну и в соответствующие статьи), должно помочь.

А обычный blast мне тут не поможет?

It depends. Вы секвенировали много генов у многих видов и хотите провести сравнение между этими видами? Или вы секвенировали много генов у одного вида и хотите провести сравнение с теми, которые разные другие люди секвенировали? В первом случае blast явно не подойдёт. Нужны ли вам множественные или попарные сравнения, известна ли филогения видов, которые хотите сравнивать и т.д.
Но rVISTA всё равно рулит, потому как она ещё и сайты связывания ТФ поищет, что для промоторов как нельзя более актуально.

Работа моя теоретическая. Я ничего не секвенировала.

У меня есть группа генов в предполагаемой рег.области которых я хочу поискать сайты связывания тф, но я не хочу искать по нескольким килобазам, а хочу посмотреть только те районы, которые консервативны (скажем, мои гены мышиные, а хочу гномологию и крысой, человеком, собакой, например).

Как такие последовательности достать?

Сразу для всех генов, а не по одному.