Добрый вечер.
Я прошу прощения за нубский вопрос, но мне важен ответ, правда...
Дайте кто-нить, пожалста (!!!), сцылку на инфу, где подробно расписана математика, позволяющая определить по первичной структуре белка его вторичную структуру (ну, типа предсказать). Мне интересен именно сам алгоритм.
Я не биолог, я математик, мне интересна именно математическая составляющая этого процесса. Говорят, это очень трудоемкий с точки зрения ресурсов и времени процесс - вот, я и хочу разобраться.
Спасибо.

А третичную? Насколько я помню, вторичная структура довольно проста. Обычно основная проблема - вычисление третичной структуры

И пользуясь случаем хотелось бы ещё спросить:
Действительно ли нужны для вычисления пространственной структуры белка распределённые вычисления?
А то один ваш коллега-молбиолог посеял у меня серьёзные сомнения в научной ценности таких проектов, как FOLDING@HOME.

P.S. Вот нагуглил по теме, если ещё не читали:
http://phys.protres.ru/lectures/protein_physics/
http://phys.protres.ru/lectures/protein_physics/l19.html

Всё дело в том, что по первичной определить вторичную или третичную можно только с определённой вероятностью. Строгих алгоритмов нет (по крайней мере, мне они не известны). Вообще для предсказания вторичной структуры есть веб-сервисы, можно почитать их статьи.
Нужность же распределённых вычислений определяется тем, что именно хотят смоделировать. Если фолдинг с нуля -- вперёд и с песнями, через 20 лет расскажете. А если какое-нибудь синхронное движение -- амбер в руки и на ближайший кластер. Если же нужна просто моделька по гомологии -- за сутки их моделлер на РС 50 штук сделает.

Хм. Интересно. А вот здесь конкретно каким методом пользуются? И есть ли от их работы польза?
Если есть желание, взгляните пожалуйста опытным глазом вот сюда:
http://folding.stanford.edu/papers.html
http://folding.stanford.edu/results.html
Действительно ли для получения этих результатов нужны распределённые вычисления? И насколько ценны сами результаты?

уровень вуза - очень высокий (Стэнфорд), уровень журналов (PNAS, Biophys. J., PRL) - средне-высокий. Вот, собственно, и делайте вывод о ценности работы.

Ну не знаю... Авторитет как бы не должен служить критерием оценки...
А вдруг таки мухлюютъ?
Потому как я слышал от вашего неиллюзорного коллеги, что "всё что нyжнo посчитaть по белкам - прекрасно считается силами одной лабы".
Вот теперь и в сомненияхъ...

Про вторичную структуру: сейчас в основном предсказывают с помощью нейронных сетей, точность около 80%, можно взять какую-нибудь статью про psipred и почитать. Сейчас от написания программы и до масштабного ее тестирования, не говоря уж о простом применении, я не вижу ни одного этапа, который можно было бы охарактеризовать как "очень трудоемкий с точки зрения ресурсов и времени процесс".

О распределенных вычислениях: думаю, прикладной ценности они не представляют, но фундаментальную - безусловно! Польза есть.