привет!

не посоветуют ли уважаемые биоинформатики какой-нибудь онлайн ресурс, который мне может определить топологию мембранного белка, но не только наличие трансмембранных спиралей, но и ориентацию in-out - либо в плазмат. мембране либо в митохондриальной.

в сети дофига всего, но они определяют только наличие спиралей и их положение, но не ориентацию. хотя бы основываясь на positive inside rule а для митохондрий должно что-то еще наверное быть.

должно быть что-нибудь - информатики не стоят на месте же.

спасибо.

http://www.bioinformatics.utep.edu/BIMER/t...nsmembrane.html
http://expasy.org/tools/#topology

но все равно надо экспериментально смотреть

http://www.predictprotein.org/newwebsite/

а еще вот здесь
http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

спасибба, только вроде TMHMM не рассказывает про ориентацию.

Предсказывает и ориентацию

скажите мне тогда, почему вот ето:

http://www.ch.embnet.org/cgi-bin/TMPRED_form_parser
и вот ето:
http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

предсказывают положение N-терминуса по разному?

наверне они пользуются разными алгоритмами?

спасибба

вот поэтому и надо ставить эксперимент, чего они там предсказывают это как вилами на воде

да понятно, но ради одного предложения в статье затевать определение топологии как-то влом. а есть же наверное не только позитив инсайд , но и типа какие-нибудь старт-стоп сигналы для белков транслокаторов типа SecY и тд? по ним нельзя предсказать?