Если кому понадобится:

На http://mihd.net/u8ihob лежит архив DNA.rar (3.1 Мб) с Excelевскими файлами для расчета термодинамики и температур плавления ДНК-ДНК и РНК-ДНК дуплексов. Там же несколько файлов для поиска коротких повторов в плазмидной ДНК. Сам я пользовался только Thermodynamics_of_RNA-DNA_duplexes.xls, интерфейс довольно простой, с экспериментом всё сходится вполне прилично, мне понравилось, всем рекомендую. В отношении остальных ничего сказать не могу, автор вроде тот же, смотрите сами.