Все привет!
Господа, помогите пожалуйста советом-
В прикреплённом файле 2 дерева: в одном из случаев я сократил, т.е. удалил 30 % от выравниваемых последовательностей (если в первом случае выравнивались последовательности размером около 30-350 п.н., то во втором- около 250 п.н.). Как видно - результаты поменялись кардинально! Дайте рекомендацию по размерам последовательностей: должны ли они быть одной длины, надо сокращать "вылезающие" концы в некоторых из них? Выровненные последовательности - модифицировать? итп
Спасибо.

Лучше брать одинаковой длины; обрезать вылезающие концы. И соответственно подписать, что дерево получено на основе ххх нт (ак) частичной последовательности гена (протеина).

Извините, что влезаю в Вашу ветку. Но хотел спросить у знающий людей: а насколько грамотно говорить о родстве тех или инных видов делая множественное выравнивание по одному белку? Вообще, сколько нужно белков взять для выравнивания у соответствующих видов, чтобы иметь право сказать кто от кого произощел?
Заранее спасибо

Довольно безграмотно. О родстве судят по в первую очередь по ДНК. Одного гена мало.

Белки необязательно. Можно и гены, не кодирующие белки (как 16S, например).

Автору темы.
Я бы посоветовала сделать дерево по последовательностям полной длинны. А потом получить bootstrap values, по ним вы сможете определить, какие кластеры у вас устойчивые, а какие -- нет.
Можно еще сделать тест на рекомбинацию, т.е. может у вас последовательности между собой рекомбинируют, но не по всей длинне. Это привело бы к подобнум результатам.


Человеку, задавшему деликатный вопрос.
Вопрос ваш очень интересный и хороший. Часто филогиния разных генов будет поддерживать разные эволюционные сценарии, и даже анализируя один и тот же ген, не кодирующий район или что еще вам могло бы в голову прийти... с помощью разный методов вы можете получить разные результаты.
Думаю один из самых знаменитых споров в этом ключе это coelomata vs ecdysozoa hypothesys о родстве между круглыми червями, членистоногими и вторичноротыми.
Все это происходит либо (1) из-за действительно разных эволюционных историй участков одного и того же генома, такое часто наблюдается у бактерий, для которых горизонтальный перенос генов далеко не редкость, либо (2) из-за несовершенности методов анализа для довольно сильно/мало эволюционировавших от общего предка последовательностей, либо (3) из-за того что у вас в последовательностях присутствует не только signal of ancestry но и signal of function по скольку гены кодируют что-то, белок или РНК, что будет потом с чем-то связываться, выполнять какую-то биологическую функцию, разделить эти два сигнала практически не возможно, хотя люди пытались.

На практике для таких целей (определения эволюционной истории видов), используют либо несколько генов, конкатинируют их последовательности и строят дерево на основе многих генов сразу, либо, как вам уже тут сказали, изпользуют какой-то 1 универсальный гет, 16S рРНК, один из примеров.
Но о родстве конкретных последовательностей вы можете, и должны, говорить основываясь на конкретном дереве, полученном с использованием этих конкретных последовательностей.

Погодите, Feodor, а вы деревья какими прогами получали?
ClustalW -- это програма для выравнивания, не для постройки деревьев, не пользуйтесь ей для этого, да и для выравниваний не стоит.
Возьмите muscle или mafft, он именно для выравнуваний, для деревьев PhyML или RaxML, но круче всего MrBayes. Если это серьезное дерево, для диплома или еще чего, то надо еще и модель эволюции подобрать используйте prottest для белковых деревьев и modeltest для ДНК, а если нет, то просто используйте WAG+I+GAMMA модель для белков и GTR+I+GAMMA модель для ДНК.

Да, спасибо. Для диплома. Я вообще планировал делать в МЕГЕ) Через пару дней уж приступлю вплотную. Pryanik, спасибо за советы! Обязательно прислушаюсь. Мега-слабовата?

Mega, на сколько я помню, имеет только нейбор-джойнинг, что обычно используется для больших датасетов, т.к. просто и быстро, но для диплома пойдет и для маленьких деревьев, да и для статей в мол.биол. журналах...

Кстати есть RaxML-сервер. http://phylobench.vital-it.ch/raxml-bb/

а

ну у меня будет последовательностей 400-700 где-то
не, там помимо NJ ещеё есть , ну я как раз им и планирую
ну на ней и остановлюсь тогда

Да, тогда делайте в меге, nj. но не забудьте сделать бутстрепы