При простом скармливании файла .fasta с аминокислотными последовательностями нескольких белков Protein-BLAST-у на предмет поиска максимально сходных белков он отображает результаты для каждого из них в отдельности.

Как сделать так, чтобы он отображал все результаты по всем заданным белкам в одной общей таблице/древе? Если это невозможно в BLAST - то какая из систем способна на подобное?

Как сделать чтобы отображалось все в одном окне -- не знаю, но можно скачать результаты для всех query в одном файле. Смотрите кнопочки на верху страницы.

А чем впоследствии можно эти результаты конвертировать/просматривать-то?

Зависит от того в каком формате вы их скачали. Скачайте текст и смотрите в любом редакторе.

А есть ли способы отображения полученных данных в виде более читабельном, чем получающаяся каша? Или это и есть итоговый рабочий материал?

Подозреваю, что вопросы не самые умные, но в родном ВУЗе их задавать просто некому..

О какой каше идет речь?
Вот пример результата. 3 последовательности в запросе. База: [All non-redundant GenBank CDS].

Сначала для каждой последовательности из запроса идут хиты, потом выравнивания.

Теперь понял. Там просто отсутствуют переносы, из-за чего эти результаты и воспринимались как каша из данных.. Спасибо!

А существуют ли программы, могущие строить на основе вот таких данных графические деревья, показывающие степень сходства разных белков (как отображение distance tree of results в результатах анализа BLAST)?

Т.е. вам надо сделать много деревьев по результатов многих бластов?

Одно дерево по результатам нескольких бластов белков одного семейства. Чтобы иметь возможность наглядно сопоставить деревья нескольких белков, а также - посмотреть на предмет их объединения, общих узлов..

Я не знаю.

Скачайте все последовательности, выровняйте clustalX, и стройте им же дерево.