Полная версия страницы  English  

анализ данных, полученных с two-color (two-channel) microarrays

marengo, 28.05.2010 11:14
как узнать у какого гена какой id-ref у two-color (two-channel) microarrays??

вопрос, наверное, немного глупый, но до этого мне приходилось сталкиваться только с одно-канальными микроэрреями (а именно с affy), там с этим все просто, у каждого гена есть свой microarray element, который не сложно узнать. например, для работы с арабидопсисом достаточно зайти на таир, вписать локус гена, и в полном описании всегда будет указан one-channel array element
name http://www.arabidopsis.org/servlets/TairOb...4545&type=locus

я во всем этом не очень понимаю, поэтому, может быть, не понятно объясняю, конкретно вот какой момент меня интересует:
вот есть microarray эксперимент http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE7495 , где использовали 25K CATMA_v2.2 arrays чипы.
и предоставлены все его результаты в таблицах. например, вот одна из них:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc....db=GeoDb_blob11

вот в ней всего 25316 генов, и каждый обозначен номером.. вот как узнать, какой номер какой ген обозначает? где найти эту легенду-расшифровку?
marengo, 02.06.2010 09:33
все оказалось просто, хотя, наверное, есть более простой путь это выяснить.
вот есть протокол этой версии чипов на ArrayExpress:
http://www.ebi.ac.uk/microarray-as/aer/res...sion=A-MEXP-228
здесь можно по ссылке "Spreadsheet (tab-delim.) >>" по локусу найти имя microarray element формата CATMA1b15360.
а в протоколах этой версии чипов на Gene Expression Omnibus:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/q...cgi?acc=GPL4346
можно по именам типа CATMA1b15360 найти их id-номера, как раз те, которые использовались в интересующем меня эксперименте.
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2012 Invision Power Services, Inc.