Использование нового оборудования открывает дополнительные возможности для исследований. Так выход на коммерческий рынок секвенатора нового поколения PacBio (Pacific Biosciences) 2 года назад, а так же выпущенное к нему 7 месяцев назад усовершенствованное ПО, позволили немецким учёным по-новому секвенировать геном штамма E. Coli, унёсшего в 2011 году жизни более 50 человек. Особенностью данного прибора является способность определять профиль метилирования ДНК у прокариот. Поскольку сайты присоединения метильной группы к молекуле ДНК у эукариот и прокариот могут не совпадать, то техника использовавшаяся ранее для секвенирования эукариот не годилась для работ с прокариотами. Однако теперь учёные смогли по-новому взглянуть на особенности опасного патогена. Команда Эрика Шадта из Icahn Institute for Genomics and Multiscale Biology наряду с другими группами ранее уже определила, что опасность вышеупомянутого штамма связана с токсином бактериофага Shiga, который, по мнению учёных, был приобретён бактерией благодаря упомянутому фагу. Но тогда учёные не обратили внимания на профиль метилирования клеток. В новом же исследовании было выяснено, что помимо фагового токсина, бактерии так же приобрели фаговую метилазу, которая значительно изменила профиль метилирования ДНК бактерий. Учёные в данный момент работают на трактовкой новой информации, но Эрик Шадт уже заявляет, что модификации внесли ряд изменений в активацию и ингибирование многих каскадов клеточных реакций, включая паттерны ответственные за рост и размножение, что не могло не сказаться на вирулентности патогена. До этого было известно только, что микроорганизмы могут использовать метилирование для защиты своей ДНК от своих же рестриктаз, выделяемых для разрушения чужеродной ДНК. Стоит отметить, что в данный момент ведётся работа, в которой задействовано более 10 коллективов, направленная на создание базы метиломов микроорганизмов. Были проанализированы уже более 150 видов бактерий, включая патогенные. Тем не менее, исследования в этой области находятся ещё в очень ранней стадии, но получают распространение, примером чего служит проект «100K Foodborne Pathogens» разрабатываемый совместно Калифорнийским университетом, FDA и Agilent Technologies.
Источник:
перевод
