. Было бы интересно узнать ваши потребности. Сразу оговорюсь, в этом деле я начинающий и создать что-то шибко сложное не выйдет, но написать некий конвектор данных из одного формата в другой или около того сил хватит.Жду ваших предложений.
 
| |
[ Вход | Регистрация ]
|
Софт, который требуется вам!
Mastodon, 14.02.2015 23:30
Привет коллеги, в данный момент изучаю программирование и появилась возможность самому придумать проект на семестр. Я бы мог накодить калькулятор с графическим интерфейсом и делу конец, но ведь можно и сочинить что-то более полезное для вас . Было бы интересно узнать ваши потребности. Сразу оговорюсь, в этом деле я начинающий и создать что-то шибко сложное не выйдет, но написать некий конвектор данных из одного формата в другой или около того сил хватит.
Жду ваших предложений.
. Было бы интересно узнать ваши потребности. Сразу оговорюсь, в этом деле я начинающий и создать что-то шибко сложное не выйдет, но написать некий конвектор данных из одного формата в другой или около того сил хватит.Жду ваших предложений.
Sergeant, 16.02.2015 12:12
Бог в помощь,
Изучать программирование хорошее дело.
Могу подкинуть интересную задачку по программированию. Не уверен, что она имеет какой либо практический интерес в реальной работе, но как учебный проект на программиский курс очень даже пойдет.
Итак, есть два маленьких (относительно) генома бактерий кишечной палочки и сальмонеллы. Для определенности пусть будет в формате FASTA. Надо найти все гомологичные участки длинной не менее N. Найти за разумное время. Для поиска не забыть и про реверс-комплимент. Результат вывести в виде таблицы и в виде дот-плота.
Сразу скажу, что в лоб решить задачу через двойной цикл не получится. Это будет считаться вечность на любом доступном компютере. Решать нужно через построение обобщенного суффиксного дерева алгоритмом с линейным временем построения. Классическая книга Гасфилда по строковым алгоритмам будет тут очень полезна.
Как решать задачу для больших геномов (человек vs мышка) на маленькой памяти обычных офисных компютеров я даже и не знаю.
На чем программируете?
PS Если программисткие навыки у вас уже приличные напишите очередной геномный ассемблер.
Изучать программирование хорошее дело.
Могу подкинуть интересную задачку по программированию. Не уверен, что она имеет какой либо практический интерес в реальной работе, но как учебный проект на программиский курс очень даже пойдет.
Итак, есть два маленьких (относительно) генома бактерий кишечной палочки и сальмонеллы. Для определенности пусть будет в формате FASTA. Надо найти все гомологичные участки длинной не менее N. Найти за разумное время. Для поиска не забыть и про реверс-комплимент. Результат вывести в виде таблицы и в виде дот-плота.
Сразу скажу, что в лоб решить задачу через двойной цикл не получится. Это будет считаться вечность на любом доступном компютере. Решать нужно через построение обобщенного суффиксного дерева алгоритмом с линейным временем построения. Классическая книга Гасфилда по строковым алгоритмам будет тут очень полезна.
Как решать задачу для больших геномов (человек vs мышка) на маленькой памяти обычных офисных компютеров я даже и не знаю.
На чем программируете?
PS Если программисткие навыки у вас уже приличные напишите очередной геномный ассемблер.
Guest, 17.02.2015 08:51
"конвектор данных" - это забавно )))
Но вообще, таких "конвекторов" уже уйма, в том числе и онлайн. Проблемные форматы только у VectorNTI и CLC, по-моему. Ну, может быть, еще всякие форматы для геномики (SAMы, BAMы и т.д.), тулзы для которых для линуксов написаны.
Но вообще, таких "конвекторов" уже уйма, в том числе и онлайн. Проблемные форматы только у VectorNTI и CLC, по-моему. Ну, может быть, еще всякие форматы для геномики (SAMы, BAMы и т.д.), тулзы для которых для линуксов написаны.
anmol94, 23.02.2015 23:30
e? who will respond not hard to do realtime PCR primes heaped
watchesbiz, 26.11.2021 15:49
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.