Сделала белок-белковый докинг на сервере. Как с помощью программ Swiss PDBViewer, Pymol и PDB-PISA оценить его результаты(pdb file), визуализировать их. Какие функции этих программ можно использовать, какие еще проги можно применить?

Какие показатели можно посмотреть при докинге белка и пептида, при докинге белка и белка?

Ничего не нужно применять и смотреть, белок-белковый докинг не дает достоверные результаты.

Мне просто поучиться))Не обязательно достоверность. Например, читала, что можно посмотреть погруженность лиганда в белок, силу связывания, электронную плотность, как это сделать?

Попробуйте какие-нибудь интересные онлайновые курсы, раз уж тянет поучиться.
Зачем смотреть силу связывания или электронную плотность, если Вы не знаете, что это такое?

http://replicarolexwatches.simpsite.nl/
https://www.smore.com/rj7kh-best-replica-watches
https://www.athleticsnation.com/users/Replicarolexwatches
https://pastebin.pl/view/ab0e458a
https://mix.com/watcheshutukcom
https://www.woddal.com/post/359216_tiny-acc...nybody-039.html
https://share.naturalnews.com/posts/3904099
https://demo.wowonder.com/post/214429_the-i...-producers.html
https://rapichat.com/post/5369_our-purpose-...ible-there.html
https://dashburst.com/replicarolexwatches/1
https://sway.office.com/KifcQvn36MK821G8
https://flipboard.com/@replicarolex24
https://getpocket.com/redirect?url=https%3A...eshut.uk.com%2F
https://www.openstreetmap.org/user/Hints%20...20Rolex%20Watch