Полная версия страницы  English  

Добавление информации на филогенетическое дерево

guest: Маруся , 04.01.2016 17:23
Друзья, подскажите пожалуйста в какой программе можно построить филогенетическое дерево по taxids и подписать не только название организма, но и неrjторые дополнительные характеристики, размер генома например. Организмов нужно проанализировать много, поэтому вручную сделать ну никак не вариант. Хотелось бы, чтобы программка брала эти характеристики из NCBI.
Заранее благодарю за помощь!
blij, 04.01.2016 23:36
Маруся, вы SyFy не пересмотрели часом? Мне после вашего запроса почему-то рисуется картинка просторной капитанской рубки космического корабля. Заходит туда такая Маруся в эффектной космической униформе с бластером на бедре
- Компьютер, свет! Выведи на главный экран древо из названий всего живого ближайшей планеты. Так. А теперь еще добавь инфографики из Центральной Базы Данных, ну например средний объем вакуолей в клетках. И что всё красивенько было, в неоновом цвете. Вот, теперь переведи все в 3Д и сбрось мне на флешку...
guest: Маруся , 05.01.2016 21:08
Но ведь например http://phylot.biobyte.de/ может брать taxids и строить дерево с названиями. Почему бы ему вместе с названиями не скачать с NCBI и другую информацию.
blij, 08.01.2016 03:24
Маруся, вот даже не знаю как лучше сформулировать, поскольку не уверен на каком уровне с вами разговаривать.
Во-первых, построить филогенетическое древо по одним только taxids нельзя,т.к. таксономия и филогения -- немного разные вещи, не всегда меж собой совпадающие. Дело это крайне сложное и запутанное, но вкратце, первое и второе должны, в рамках определенных представлений между собой совпадать, однако, в реальности такое наблюдается далеко не всегда. Тем не менее, то о чем Вы говорите, называется таксономическим древом и имеет право на существование.
Во-вторых, конечно можно написать какой-нибудь несложный парсер, который извлекает из NCBI некую доп. информацию, навроде размера геномов. Можно просто добавить эту информацию к названию таксонов, на древе она отобразится. Если таксонов действительно много, то надо думать как бы всё отображалось читаемо. Обычный софт не очень в этом продвинут, опять же большинству народа это не очень актуально. Не думаю, что есть какое-то универсальное решение, обеспечивающее отображение всей информации на древе...
guest: Маруся , 10.01.2016 03:05
Ну окей. Спасибо!
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.