Очень приятное известие - www.herba.msu.ru РАЗРЕШИЛ использовать свои картинки. К сожалению, подписей к ним нет. С картинками, где указан род и вид, мы ещё кое-как справляемся, а вот, например, что делать с кучей замечательных фотографий со Звенигородской биостанции (они без подписей) вообще не понятно.
Ниже - первый пример - картинка с herba.msu.ru , подпись от molbiol.ru. NB! подпись может быть с ошибками!


Мицена молочная (Mycena lactea)

Семейство Трихоломовые — Tricholomataceae. Шляпка 1-1,5 cm в диаметре, конической или колоколообразной формы, с возрастом распрямляется. Край неровный, при высокой влажности морщинится. Цвет шляпки — молочно-белый, в центре может быть бледно-кремовым. Стебель 10-50 х 2-3 mm, белый, от основания отходят белые нити. Мякоть тонкая, белая, без запаха. Пластинки белые, приросшие. Споровый порошок белый. Споры продолговатой овальной формы, 9–11 x 3–4 µm, не содержат крахмала.

Растет большими группами в хвойных лесах на перегное, растительных остатках. Встречается летом и осенью в Европе. Довольно редкий вид. Несъедобный.
Фотография с сайта www.herba.msu.ru

Чтобы увидеть большую картинку (здесь приведён лишь фрагмент) -- кликните по названию.

Для картинок в правой колонке (под Google-рекламой) можно кликнуть по картинке и откроется полная с описанием.

Как прислать био-картинки на сайт написано здесь

23 Дек. состоялась пресс-конференция с членами комиссии по внутреннему расследованию о достоверности результатов клонировании, полученных Woo Suk Hwang в Сеульском университете. Напомним, что в мае этого года в Science вышла статья Woo Suk Hwang (Science, vol 308, p 1777), в которой описан метод получения индивидуальных стволовых клеток человека путем введения соматических ядер в донорскую яйцеклетку. Скандал вокруг работы начался, когда один из соавторов работы обвинил Woo Suk Hwang в давлении с его стороны на своих сотрудниц, чтобы те принудительно, но за деньги, сдавали яйцклетки. После этого корейского ученого стали обвинять в фальсификации данных, представленных в статье. Частично Woo Suk Hwang признал свои ошибки. В результате, он связался с редакции Science, чтобы отозвать свою статью, а Сеульский университет решился провести внутренние расследование. На пресс-конференции члены комисси представили результаты этой проверки: они считают, что большинство результатов, полученных Woo Suk Hwang были сфабрикованы - как минимум 9 линий стволовых клеток из 11 являются фальшивыми. Достоверность двух оставшихся линий нужно еще подтвердить. Woo Suk Hwang немедленно согласился с выводами комисси, но продолжает утверждать, что метод действильно был ими разработан. А доказательство этого - именно те две недопроверенные линии. Также он заявил, что искренне сожалеет о случившимся и уходит с профессорской должности в Сеульском университете. В настоящее время комиссия собирается проверить результаты клонирования Woo Suk Hwang и сотр. человеческих эмбрионов (Science, DOI 10.1126/science.1094515) и овчарки Snuppy (Nature, vol 436, p 641).
Science до сих пор отказывается отозвать статью - в редакции ждут согласия о ретракшене всех авторов работы; также они считают, что у них недостаточно данных по этому поводу, хотя и предупреждают ученых, чтобы те с осторожностью относились к этим результатам в статье.
По сообщению с www.newscientist.com.

микроРНК - это одноцепочечные РНК длинной 21-23нт., которые участвуют в регуляции экспрессии самых разных генов. Регуляция у животных происходит за счет связывания микроРНК с комплементарным участком в 3`НТО мРНК c последующим подавлением трансляции по еще не совсем ясному механизму. Сами микроРНК вырезаются из одного из плеч шпильки в составе молекулы-предшественника пре-микроРНК. Процессы образования микроРНК и ее функционирование тесно связаны с явлением РНК-интерференции, так как многие компоненты в обоих этих процессах, если не одни и те же, то гомологи. Несмотря на то, что микроРНК участвуют ткане- и время-специфично во многих клеточных процессах, механизм их собственной регуляции остается во многом большой загадкой. В недавней работе, опубликованной on-line в Nature Structural & Molecular Biology показано, что у млекопитающих шпильки в составе пре-микроРНК могут подвергаться редактированию клеточными дезаминазами ADAR1 и ADAR2. Редактирование уменьшает способность клеточных эндонуклеаз вырезать из шпильки микроРНК. Такой механизм показан почти для половины всех предшественников микроРНК, в частности для микроРНК-142, участвующей в гемопоэзе. В этой же работе выявлена роль загадочного белка Tudor-SN, входящего в состав эффекторного комплекса RISC (это многокомпонентный белковый комплекс, который связываваясь с микроРНК, по всей видимости, приводит к подавлению трансляции мРНК). Оказывается, Tudor-SN может вызывать деградацию редактированной пре-микроРНК. Эти результаты указывают на существование нового типа взаимодействий двух сложных клеточных процессов по регуляции экспрессии генов. По сообщению с www.biologynews.net

---

Поблагодарили (2): ivank, Redactor

  Большая группа ученых из Канады, США, России, Англии, Франции и Германии завершили секвенирование образцов геномной ДНК из костей остатков мамонта, обнаруженных в вечной мерзлоте Сибири. Работа опубликована на сайте Science Express www.sciencexpress.org (22 Dec). Фрагменты ДНК были идентифицированы как геномные, благодаря их сравнению с известной последовательностью ДНК африканского слона. Сходство ДНК последнего с ДНК мамонта составила 98,5%. Используя компьютерные технологии удалось также доказать, что 50% ДНК из костей является действительно остатками мамонта, тогда как остальная ДНК является ДНК бактерий. В настоящее время проводятся детальное сравнение ДНК мамонта с ДНК индийского и африканского слонов. По сообщению с www.biologynews.net

В Chemistry and Biology (Vol 12, 1325-1335) группа под руководством Ronald R. Breaker из Yale University опубликовала результаты исследования действия пиритиамина (pyrithiamine) на тиаминовый оперон. Пиритиамин является аналогом тиамина, витамина В1 (см. рис.); в его присутствии бактерии и грибы перестают расти и погибают. Ранее было показано, что это связано с конкуренцией пиритиамина с тиамином за связывание ферментами. Также было известно, что пиротиамин вызывает понижение экспрессии генов тиаминового оперона, но причины данного факта были неясны. Оказалось, что пиротиамин связывается с так называемым рибосвитчем (riboswitches), контролирующего экспрессию тиаминового оперона tenB у B. subtilis. Рибосвитчем называют небольшой участок в нетранслируемом районе мРНК, способного формировать "карман" для улавливания определенных метаболитов; такое связывание изменяет экспрессию соответсвующего гена. Тиаминовый рибосвитч в норме связывает тиамин и при его избытке приводит к подавлению tenB. Связывание с рибосвитчем пиротиамина как раз последнее и мимикрирует. Данная находка открывает возможность для разработки нового класса антибактериальных веществ, которые по структуре будут сходны с лигандами рибосвитчей жизненно важных генов. По сообщению с www.biologynews.net

---

Поблагодарили (2): Esya, dimafish

  Интересное исследование было проведено учеными из Goethe-University и Max Planck Institute for Biophysical Chemistry во Франкфурте (опубликовано в Current Biology vol. 15, 24 Dec). В мышечные клетки C.elegans был встроен channelrhodopsin-2 (ChR2) из зеленой водоросли Ch.reinhardtii. ChR2 является трансмембранным белком, который при освещении синим светом начинает пропускать внутрь клетки катионы. Исследование показало, что если осветить такого трансгенного червя синим светом, его мышцы начинают сокращаться. Сокращение было супрессировано мутациями генов потенциал-зависимых Са²⁺-каналов и рианодиновых рецепторов. В том случае, если ChR2 экспрессировали в механосенсорных нейронах, в норме возбуждаемых механической стимуляцией, то их освещение также приводит к возбуждению. Возбуждение возникало даже в случае мутации "родных" механосенсорных ионного канала MEC-4/MEC-10. Благодаря этой находке станет возможных избирательно возбуждать определенные типы нейронов in vivo, что необходимо для изучения их функций. По сообщению с www.biologynews.net. На фотографии C.elegans.

---

Поблагодарили (1): ivank

Саложин Сергей из Центра "Биоинженерия" подготовил протокол "Иммунопреципитация хроматина". Методика состоит из трёх логических частей: (i) получение хроматина; (ii) собственно иммунопреципитация; (iii) анализ полученного пула ДНК.

Автору - огромное спасибо, всем остальным - приятного использования!

---

Поблагодарили (2): Ig, Yulia S

  На прошлой неделе, "король клонирования" Woo Suk Hwang из Сеульского университета связался с редакцией Sience, чтобы отозвать свою сенсационную статью из журнала (Science, vol 308, p 1777). В этой статье Woo Suk Hwang с сотрудниками (всего 25 человек) описывает метод получения "индивидуальных" стволовых клеток человека, по которому ядра из пациета пересаживаются в донорскую яйцеклетку. В результате работы были получены 11 разных линий клеток от разных пациентов. Данному методу пророчили большое будущее, так как он позволил бы лечить большое количество разных заболеваний.
Уже после публикации многие соавторы Woo Suk Hwang обвиняли последнего в фальсификации результатов работы; один из них просил даже удалить свою фамилию из списка авторов. Так, соавтор Sung Il Roh заявил, что что из одиннадцати линий стволовых клеток по меньшей мере девять являются фальшивыми, а достоверность двух других еще надо доказать. Кроме того, четыре фотографии из статьи разных клеточных линий, как было заявлено, от разных пациентов, оказались фотографиями одной и той же линии. Последний факт признает и сам Woo Suk Hwang. Специалисты также высказывают сомнения и относительно "генетических отпечатков" клонированных эмбриональных клеток. Эта технология использовалась для проверки идентичности клонированных клеток - чтобы продемонстрировать, что ДНК в их ядрах сходны с ДНК оригинальных клеток, взятых у пациентов.
Хотя редакция Science пока отказывается отозвать статью, она готова следить за внутренним расследованием, проводимым Сеульским университетом. По сообщению с www.newscientist.com. На фотографии сам Woo Suk Hwang.

---

Поблагодарили (2): Peacemaker, IrinaA

The National Cancer Institute (NCI) и the National Human Genome Research Institute (NHGRI) (оба входят в состав NIH) запустили пилотный проект, названный TGCA (The cancer Genome Atlas). Как пишут организаторы: "Главная цель TGCA - это улучшить наши возможности по предсказанию, лечению и предоотвращению рака". В этом проекте будет сделана попытка создать сравнительный и систематизированный каталог изменений в геноме, происходящих при некоторых типов рака у человека. Для такого масштабного анализа генетических изменений в рамках этого проекта будут разработаны и протестированы соответствующие технологии. Если пилотный проект удасться, эти технологии будут использованны для анализа изменений генома у других типов рака. Результаты будут размещаться в публичных базах данных NCBI и NCI. Сайт проекта http://cancergenome.nih.gov. По сообщению с www.genome.gov.

---

Поблагодарили (3): Dimserg, ClearHEAD, LMP

Ученые из UC Davis разработали новый микроскоп, который объеднияет в себе свойства атомно-силового и конфокального микроскопов. Конфокальный микроскоп позволяет реконструировать трехмерную структуру биологического образца (например, целая клетка), без разрезания последнего на тонкие "ломтики". С помощью атомно-силового микроскопа можно изучить детали поверхности образца, причем рарешающая способность последнего такова, что можно "увидеть" даже отдельные атомы поверхности. К примеру, новый АТС/конфокальный микроскоп позволяет использовать флуоресцентные метки для анализа перемещений молекул внутри клеток, и связать эти перемещения с изменением в строении мембран. На рисунке изображена тучная клетка во время аллергической реакции. Вверху изображение целой клетки получено с помощью конфокального микроскопа, а внизу показана топология ее мембраны, полученной с помощью атомно-силового микроскопа. По сообщению с www.news.ucdavis.edu

---

Поблагодарили (3): Варя, ivank, Офисный планктон

Программа морская международная и экспедиции.
"We estimate there are around 230,000 species down there and we want all of those documented by the end of the census in 2010. But that's a conservative estimate. We could well find a million new species by then," said Ron O'Dor of Dalhousie University in Canada and leading researcher on the census.
Наверно, приукрасили, но о науке журналистом написано хорошо.
http://www.guardian.co.uk/science/story/0,,1667619,00.html

Картинки собственно очень понравились, шикарно сделано:
http://www.coml.org/medres/high2005/highlightimages.htm

Вот некоторые.

---

Поблагодарили (16): Helene, Павел, AVP, Дядя ФАКСер, bukach, Ok, petr, Варя, J, UU, AVB, afanasev_max, kenny, shum, DevBioNic, 0xy

Завершился проект по сексвенированию генома собаки. Сообщение об этом было опубликовано вчера в Nature (Dec.8, 2005). Серия статей об этом также опубликована в журнале Genome Research. Этот проект являлся соместным проектом Broad Institute of Harvard and Massachusetts Institute of Technology, North Carolina State University's College of Veterinary Medicine и многих других институтов по всему миру. Донором ДНК послужили собаки породы боксер. Ученые надеются, что завершение этого проекта поможет понять природу пластичности генома собак, которая позволила вывести огромное разнообразие пород. По сообщению с www.biologynews.net

---

Поблагодарили (2): daniil_naumoff, ivank

На прошедшем симпозиуме в American Chemical Society было объявлено об разработке новых устройств, основанных на технологии T-лучей (T-rays). T-лучи находятся в терагерцовом диапазоне (THz) электромагнитного спектра, располагающегося между видимым светом и микроволновой радиацией. Новые устройства позволяют детектировать испускаемые Т-лучи очень небольшиих объектов (порядка нанометров). Так, в сотрудничестве с NASA, были обнаружены дефекты в защитном покрытии шаттлов. Преимущество системы T-лучей в том, что она может давать спетроскопическую информацию химических и биологических материалов. Также была разработана система для детекции THz вибрации (pulse), испускаемой при быстром обмене зарядами между молекулами двух разных типов красок. В будщем, возможно, этот метод будет использоваться для анализа процессов, проходящих в фотосинтетических реакционных центрах. По сообщению с портала www.biologynews.net

Ранее было показано, что дивалентые ионы металлов могут вызывать гидролиз РНК с образованием 5`ОН 2`;3`Р концов. В этой реакции 2`ОН действут как нуклеофил. Рибозимам, катализирующим гидролиз РНК, также для реакции требуются разные ионы металлов. В одном случе, искусственный LZV лидзим (leadzyme), требует даже ионы свинца. В работе, опубликованной в NAR (Dec. 6, 2005), обнаружили, что и естественный рибозим РНКазы P имеет свойства лидзима. Но в отличие от LZV лидзима, рибозим из РНКазы Р в Pb⁺²-зависимой реакции образует продукты с 5`Р и 3`ОН концами. Аторы предложили, что Pb⁺², координированный в активном сайте РНК РНКазы Р, активирует молекулу Н₂О; последняя и становиться нуклеофилом.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...2695&query_hl=4

Ученые из Gladstone Institute of Neurological Disease, возможно, нашли новый способ для предотвращения клеточной смерти, происходящей при болезни Альцгеймера. Одной из причин гибели нейронов является накопление белка b-амилоида. который активирует NF-kB в клетках микроглии. Последнее приводит к "переключению" этих клеток, называемых также иммунными клетками мозга, в мощные машины по убийству нейронов. В работе, опубликованной в Journal of Biological Chemistry (Dec. 2, 2005), было обнаружено, что вещество ресвератол, входящего в состав красного вина, может блокировать активность NF-kB в клетках микроглии. Работа была проведена на культуре клеток. По сообщению с портала с www.brightsurf.com

---

Поблагодарили (2): ivank, Офисный планктон

Долгое время считалось, что геномная ДНК в интронах и между генами является "мусорной" ДНК, и если и играет какую-либо роль, то только для "забуферования" мутаций. В последнее время появилось очень много данных о том, что в таких "мусорные" участках ДНК закодированы короткикие РНК (микроРНК), которые могут контролировать самые разные клеточные процессы. У животных микроРНК отжигаются в 3`НТО мРНК и подавляют ее трансляцию. Так, самые известные микроРНК lin-4 и let-7 у C.elegans необходимы для правильного развития червя на самых ранних стадиях онтогенеза. У человекак микроРНК могут регулировать до 1/3 всех генов (компьютерное предсказание).
Ранее уже существовали доказательства, что микроРНК контролируют некоторые процессы при эмбриогенезе позвоночных (гемопоэз). В Nature (online edition, Dec. 2, 2005) опубликованы результаты исследования, в котором показано вовлечение еще одной микроРНК в эмбриогенез млекопитающих. Было обнаружено, что одна из микроРНК (miR196) экспрессируюется только в задних конечностях развивающегося эмбрионах мыши, но не в передних. Предположительно, miR196 в передних конечностях подавляет эксспрессию транскрипционного фактора, предотвращая образования на их месте задних. Однако точный механизм еще не выяснен. По сообщению с поратала www.biologynews.net

Ученые из Jhon Hopkins University, используя нанополупроводники (quantum dots) разработали новый метод обнаружения специфических последовательностей ДНК, заставляя их светиться прямо в микроскопе. Нанополупроводники - это кристаллы из полупроводникового материала, имеющие размер порядка нанометров. Такие нанополупроводники традиционно применяются в электорнных схемах, но в последнее время их стали использовать и для биологических задач. При освещении нанополупроводника светом с определенной длиной волны (лазер), в нем происходят перестройка электронных оболочек, что позволяет ему переносить энергию к близлежащей молекуле, которая, если является флуоресцентом, может эмитировать видимый свет.
Наносенсор, разработанный для детекции определенных последовательностей, устроен следующим образом. К первой ДНК-пробе, комплементарной к одной из цепей искомомого сисквенса, химически присоединяется флуоресцентный краситель Cy5. Ко второй ДНК-пробе, комплементарной соседнему участку той же цепи искомого сиквенса, "пришивается" биотин. Затем обе ДНК-пробы смешиваются на чашке, содержащей ДНК, которую пытаюся задетектировать. Туда же добавляется стрептавидин, поверхность которого покрыта нанополупроводником. В чашке обе ДНК-пробы гибиридизуются с искомой последовательностью, образуя что-то вроде "бутерброда". К этому же "бутерброду" за счет связи с биотином связывается стрептавидин с нанополупроводником. Если затем такую чашку осветить лазером, то, за счет нанополупроводника, энергия лазера передается Сy5, свечение которого можно визуально наблюдать в обычном микроскопе.
Для проверки нового метода, авторы выделили образцы ДНК из пациентов с раком яичников, в которой смогли детектировать ДНК с круциальной мутацией.
Как пишут авторы, метод можно использовать для идентификации людей, имеющих повышенный риск развития разных типов рака.
Статья опубликована в Nature Materials (Nov., 2005). По сообщению с портала www.biologynews.net

---

Поблагодарили (2): Redactor, albog

Группа ученых из Yale University завершила работу по построению первой обширной карты взаимодействий белков и протенкиназ. Протеинкиназы - это большой класс ферементов, которые, фосфорилируя белки, изменяют их функциональную активность. Масштабная идентификация белков-мишеней до самого последнего времени, было достаточно непростой задачей. Группа из Yale University для решения этой задачи применили протеомные микрочипы, в которых влияние каждой из 82 уникальных протеинкиназ дрожжей на активность/модификацию белков было проверено по отдельности, что и позволило составить карту взаимодействий. На этой карте можно выделить несколько отдельных систем. В перспективе, она может помочь понять механизмы координации разных биологических путей в клетках, разных тканях. Сообщение опубликовано в Nature (Dec. 1, 2005).
По сообщению с www.medicalnewstoday.com

---

Поблагодарили (4): Tony, ivank, Офисный планктон, genkvg

ДНК-метилтрансферазы - это ферменты, которые в клетке применяются для включения и выключения генов. Используя в качестве донора S-аденозил-L-метионин (SAM), метилтрансферазы переносят метильную группу прямо на ДНК. Это приводит к подавлению экспрессии гена за счет связывания с метилнуклеотидом метил-связывающих белков. В исследовании, результаты которого опубликованы в Nature Chemical Biology (Nov. 27, 2005), ученые из Howard Hughes Medical Institute (HHMI) и Institute of Organic Chemistry in Aachen продемонстрировали, что ДНК-метилтрансферазы могут переносить не только метильные группы, но и группы большего размера. Другими словами, можно модифицировать ДНК с помощью метилтрансфераз не только метильными группами, но и другими соединениями. Исследователи синтезировали молекулы, которые по структуре напоминают SAM, но в котором метильная группа, использующаяся для метилирования, была заменена на более сложную углеводородную цепь (бутильные и пропильные группы).
В более ранних исследованиях такие попытки изменить субстрат для метилтрансфераз были бесупешными, так как замена метильной группы приводила к уменшению химической реактивности соединия. Для преодоления этой проблемы, авторы работы стабилизировали перенос с помощью множественных (multiply) углеродных связей.
Эти результаты в будущем будут иметь большое значение для практической молекулярой биологии: семейство ДНК-метилтрансфераз включает ферменты, способные узнавать более 200 разнообразных последовательностей, т.е. появляется беспрецедентный шанс манипулировать с ДНК in vivo, например окрашивать определенные последовательности. Более того, в настоящее время ведется работа по замене метильной группы в SAM на биотин. Если это удасться, то, используя связку биотин-стрептавидин, можно "вылавлить" все те последовательности ДНК, которые в клетке метилируются; т.е. можно проводить сравнительный анализ паттернов метилирования в разных тканях, организмах, при разных мутациях и т.п.
По сообщению с портала www.news-medical.net

---

Поблагодарили (14): yamiren, Redactor, Dimserg, Esya, borigv, Gra, vidmis, JZH, SanchoPansa, Abd, KGB, gimsel, MishGun, ivank

Студенты из The University of Texas at Austin и UCSF, используя чашки Петри с генетически модифицированными E.coli, смогли получить "бактериальные фотографии". Клетки этого штамма E.coli могут синтезировать пигмент в зависимости от того, как клетка освещена. Если световой пучок попадает на световой рецептор, то последний может выключать ген, контролирующий синтез пигмента. Это приводит к тому, что бактерии в освещенных районах чашки Петри не синтезируют пигмент и становятся "светлыми", и наоборот, неосвещенные бактерии становятся окрашенными. Для освещения чашек Петри с такими бактериями использовали специально разработанный для этой цели проектор.
Таким образом студенты смогли получить фотографии самих себя, своих науч.руководителей и родного университета. Результаты опубликованы в Nature (Nov. 24, 2005). По сообщению с портала www.brightsurf.com

---

Поблагодарили (3): Redactor, Fish, shum