Программы были подготовлены специально для "Практической молекулярной биологиии". Были автоматизированы те расчёты, которые реально полезны в лабораторной практике. Все программы написаны на JavaScript, для пользователей это означает, что если сохранить страницу на собственном компьютере, то программой можно будет пользоваться не выходя в интернет.

Нуклеотидные последовательности

Операции с нуклеотидной последовательностью

Форма проводит простые манипуляции с нуклеотидной последовательностью (чтение в обратную сторону, чтение комплементарной, перевод в двухцепочечную). Она понимает стандартные обозначения полиморфных нуклеотидов. Можно проводить как одиночное преобразование, так и несколько преобразований одновременно.

Чтение вслух нуклеотидной последовательности

Форма читает вслух последовательность. Можно произвольно задать скорость чтения, выбрать русского или английского диктора. Есть команды "пауза" и "начать сначала". Понимаются стандартные обозначения полиморфных нуклеотидов.

Предсказание нуклеотидной последовательности по аминокислотной

Предсказание нуклеотидной последовательности по белковой. Учитывается частота встречаемости кодонов в лабораторных организмах: Homo sapiens, Mus musculus, Drosophila melanogaster, Arabidopsis thaliana, Saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris, Escherichia coli.

Трансляция нуклеотидной последовательности

Форма проводит трансляцию нуклеотидной последовательности в выбранных рамках считывания, при этом правильно воспринимает полиморфные нуклеотиды. Можно выбирать несколько рамок одновременно. Можно переключаться между трёхбуквенным и однобуквенным кодом.

Поиск редких кодонов в кодирующей последовательности

Одна из проблем при экспрессии белков связана с редкими кодонами в кодирующей последовательности. Кроме интерактивной формы, позволяющей проанализировать частоты встречаемости кодонов в конкретной последовательности, на сайте имеется таблица частоты встречаемости кодонов в распространённых лабораторных организмах.

Случайная последовательность, мутагенез, перестановки НП

Для моделирования или оценки работы компьютерных программ анализа удобно использовать случайные нуклеотидные последовательности. Идея программы взята с "The Sequence Manipulation Suite" /P. Stothard/. Кроме того, можно устроить перестановку определенной последовательности или её мутагенез.

Трёхбуквенные-однобуквенные аминокислотные последовательности

Облегчает жизнь, когда требуется перевести однобуквенную аминокислотную последовательность в трёхбуквенную (например, когда код толком не помнишь), или наоборот - переписать трёхбуквенную (например, для ввода в компьютер). Однобуквенная запись по желанию - прописными или строчными буквами. Заодно программа считает молекулярный вес белка. Идея программы взята с "The Sequence Manipulation Suite" /P. Stothard/.

Анализ последовательности белка

Программа рассчитывает брутто-формулу (с учетом естественного содержания изотопов), процентный состав, изоэлектрическую точку, заряд при заданном pH и молекулярный вес белков (авторы: Клименков Виталий, Широкая Александра, Авдей Алексей; http://vitalonic.narod.ru/biochem/index.html).

Вычисления.

Расчёт параметров PCR

Программа помогает оценить сбалансированность PCR реакции (по нуклеотидам и праймерам) и необходимое число циклов. Рассчитывается общее количество и концентрация полученного продукта. Оценивается, с какого цикла амплификация перестаёт быть экспоненциальной. Программа сама выбирает наиболее удобные единицы измерения для представления результатов ("µg/µl", "ng/µl" или "pg/µl"). Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает.

Спектрофотометрическое измерение концентрации нукл. кислот

Расчёт концентрации нуклеиновых кислот по оптической плотности (ДНК, РНК, олигонуклеотиды). Можно обсчитывать как одиночные измерения, так и серии измерений. Результат выводится для концентрации образца в исходной пробирке (так как учитывается разведение). Кроме того, программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной: "µg/µl", "ng/µl" или "pg/µl". Можно выбрать единицу измерения самому, программа пересчитает. Имеется help.

Пересчёт скорости вращения в ускорение

Пересчёт скорости вращения [rpm] центрифуги в ускорение [kg] и обратно. Для расчёта надо измерить (или посмотреть в описании центрифуги) радиус ротора.

Вычисление времени роста бактерий

"Прогнозирование" роста бактерий. Это важно при приготовлении химически компетентных и электрокомпетентных клеток, экспрессии белков. Программу можно использовать и для других организмов на логарифмической стадии роста. Кроме того, оценивается точность прогноза. Имеется help.

Связь биологического количества dNTP’s с радиоактивностью

Пересчёт активности меченных дидезоксинуклеотидов в массу и молярное количество. Это бывает полезно при оценке того, сколько матрицы следует брать для меченья ДНК или РНК.

Конверсия

Конверсия: масса - моли (для белков).

Пересчёт для белка с известным молекулярным весом массы (или весовой концентрации) в моли (или молярную концентрацию) и обратно. Программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной, например "mol", "mmol", "µmol", "nmol", "pmol", "fmol" или "amol". Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает. Имеется help.

Конверсия: масса - моли (для нукл. кислот)

Пересчёт для нукл. кислот (ДНК, РНК, олигонуклеотид) массы (или весовой концентрации) в моли (или молярную концентрацию) и обратно. Программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной, например "mol", "mmol", "µmol", "nmol", "pmol", "fmol" или "amol". Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает. Имеется help.

Конверсия ДНК/белок

Простенькая оценка, какого размера требуется ген для синтеза белка данного молекулярного веса и наоборот, какого размера получится белок для ORF данного размера.

Пересчёт молярного количества в молярную концентрацию

Пересчёт молярного количества [mol] в молярную концентрацию [M]. Нужно задать объём раствора и всё. Программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной, например "mol", "mmol", "µmol", "nmol", "pmol", "fmol" или "amol". Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает. Имеется help.

Конверсия единиц измерения

Пересчёт единиц измерения. Например: сколько миллиметров в дюйме. Пересчёты для длины; площади; объёма; угла; времени; скорости; ускорения; силы; давления; энергии; мощности; массы; температуры и радиоактивности. Кратные и дольные приставки. Практически все физические величины. Если чего то не хватает, пишите, добавим. Имеется help.

Прописи растворов

Таблицы с прописями приготовления растворов позволяют рассчитывать количество реактивов для произвольных объёмов. Таблицы работают следующим образом: в крайнюю правую верхнюю позицию таблицы нужно ввести финальный объем раствора в. После нажатия на кнопку "Расчёт" (или клика вне этогй позиции) будут вычисленны веса/объёмы всех компонентов раствора для указанного объёма.

Прописи для обычно используемых растворов можно найти в главе "Приготовление растворов". Кроме того, в протоколах имеются собственные списки реактивов. Они тоже обеспечивают пересчёт (например, пропись для приготовления белкового геля).

Инструкция по работе с прописями растворов откроется в новом окне при нажатии на эту кнопку: