добавить необходимое количество H2O и Tris base 1M (смотри таблицу; при этом можно полагать, что объём, занятый солью ~150µl);
Mw
V(H2O)
V(Tris base 1M)
V(final)
dATP
C10H14N5O12P3Na2x3H2O
589.2
3.24ml
850 µl
4.24ml
dGTP
C10H13N5O13P3Na3x2H2O
609.2
3.55ml
400 µl
4.10ml
dCTP
C9H13N3O13P3Na3x2H2O
569.1
3.44ml
800 µl
4.39ml
dTTP
C10H14N2O14P3Na3x2H2O
584.1
3.73ml
400 µl
4.28ml
проверить рН, капнув ~0.5µl на рН-бумажку;
спектрофотометрически проверить качество и концентрацию (удобно использовать финальное разведение 1:5000 (~20µM). При этом показания спектрофотометра оказываются в районе Am~0.3, а концентрация: с[mM]=k1:5000xAm).
Детергенты - это растворимые в воде полярные липиды. Обычно они классифицируются по типу гидрофильной группы: анионные, катионные, амфотерные и неионные. Обычно неионные и амфотерные детергенты денатурируют белки в меньшей степени, чем ионные детергенты. Sodium cholate и sodium deoxycholate - самые слабые денатуранты среди обычно используемых детергентов.
Две важные характеристики детергентов: (i) критическая концентрация мицелообразования (CMC) - концентрация при которой мономеры детергента начинают образовывать мицелы и (ii) молекулярный вес мицелл (детергенты с высоким мол. весом мицелл сложно убрать диализом, они проскакивают сквозь гель-фильтрационные колонки). Обе характеристики зависят от используемого буферного раствора. Обычно добавление соли понижает CMC и увеличивает размер мицелл.
Детергент
Tпл.
Mw [Da]
CMC
мономер
мицелла
%(w/v)
M
Анионные
SDS
206
288
18,000
0.23
8.0 x 10-3
Cholate
201
430
4,300
0.60
1.4 x 10-2
Deoxycholate
175
432
4,200
0.21
5.0 x 10-3
Катионные
C16TAB
230
365
62,00
0.04
1.0 x 10-3
Амфотерные
LysoPC
-
495
92,000
0.0004
7.0 x 10-6
CHAPS
157
615
6,150
0.49
1.4 x 10-3
Zwittergent 3-14
-
365
30,000
0.011
3.0 x 10-4
Неионные
Octyl glucoside
105
292
8,000
0.73
2.3 x 10-2
Digitonin
235
1,229
70,000
-
-
C12E8
-
542
65,000
0.005
8.7 x 10-5
Lubrol PX
-
582
64,000
0.006
1.0 x 10-4
Triton X-100
-
650
90,000
0.021
3.0 x 10-4
Nonident P-40
-
603
90,000
0.017
3.0 x 10-4
Tween 80
-
1,310
76,000
0.002
1.2 x 10-5
CMC - критическая концентрация мицелообразования.
Детергент
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
1 - Сильно денатурирующий; 2 - Диализуемый; 3 - Ион-обмениваемые, не подходят для ионообменной хромотографии; 4 - Сложные ионы; 5 - Сильное погл. A280; 6 - Мешает анализам; 7 - Преципитирует на холоду; 8 - Высокая цена; 9 - Лёгкость очистки; 10 - Изотоп-меченье; 11 - Определённый состав; 12 - Автоокисление
Анионные
SDS
+
+
+
+
-
-
+
-
+
+
+
-
Cholate
-
+
+
+
-
-
-
-
+
+
+
-
Deoxycholate
-
+
+
+
-
-
+
-
+
+
+
-
Катионные
C16TAB
+
+
+
-
-
-
+
-
+
-
+
-
Амфотерные
LysoPC
+/-
-
-
-
-
-
-
+
+/-
+
+
-
CHAPS
-
+
-
-
-
-
-
+
+
-
+
-
Zwittergent 3-14
+/-
+/-
-
-
-
-
-
+
+
-
+
-
Неионные
Octyl glucoside
-
+
-
-
-
-
-
+
-
+
+
-
Digitonin
-
-
-
-
-
-
-
+
+
-
C12E8
-
-
-
+/-
-
-
-
+
-
+
-
+
Lubrol PX
-
-
-
+/-
-
+/-
-
-
-
+
-
+
Triton X-100
-
-
-
+/-
+
+/-
-
-
-
+
-
+
Nonident P-40
-
-
-
+/-
+
+/-
-
-
-
+
-
+
Tween 80
-
-
-
+/-
-
+/-
-
-
-
+
-
+
C16TAB - hexadecyl trimethylammonium bromide;
LysoPC - lysophosphatidylcholine.
* Sodium cholate и sodium deoxycholate нерастворимы при <pH 7.5 или при ионной силе выше 0.1%. SDS часто выпадает в осадок при температуре ниже 20oC;
** Ионные детергенты вызывают проблемы при изоэлектрическом фокусировании;
*** Ионные и амфотерные детергенты обычно удаётся убрать диализом;
**** Фенол-содержащие детергенты (например Triton X-100 и NP-40) вызывают преципитацию при Folin protein assay (но они не мешают Bradford protein assay).
оставить водной фазы столько, чтобы она составляла ~1/10 от объёма фенольной фазы;
добавить 8-гидроксихинолин до 0.1% (относительно фенольной фазы) и ßMeEtOH (2-меркаптоэтанол) до 0.2% (относительно водной фазы = 0.02% относительно фенольной);
то, что получилось на этом этапе – "кислый фенол*", õðàíèòü ïðè -20oC (~год);
к свежему (или перегнанному) фенолу + равный объём 0.2 M Tris-base, смешивать ~0.5-1h;
снять водную фазу;
+ 0.1V 0.1M Tris-Cl, pH 8.0
0.2% ßMeEtOH
смешивать ~0.5-1h;
õðàíèòü ïðè 4oC (в темноте) ~месяц.
b) начиная с хорошего покупного:
насытить фенол H2O (добавив приблизительно 1/5 объёма воды;
BSA; раствор 2mg/ml -кто знает, как лучше серию сделать для калибровки белка по Брэдфорду-для начин. урок.
Гость/19.06.2007 10:44/
как приготовить 10% спиртовой раствор йода?
Yarl/27.07.2007 18:06/
4 M guanidine thiocyanate, 0.2 M sodium acetate pH 5.0, 25 mM EDTA, 2.5% (w/v) PVP-40 potassiym acetate 1M помогите пожалуйста приготовить
Гость/22.08.2007 23:49/
EDTA, Mw- 292g, Так? EDTA-Na2- 372g... Так что же используется в таблице, EDTA-Na2 или что-то еще?
Гость/19.10.2007 14:07/
А как приготовить версен, пожалуйста..
Гость/26.05.2008 15:19/
Гриша-лучший!!!!!!!!!!!!!!
Гость/10.04.2009 09:17/
Вопрос от чайника. Какое количество праймера (концентрация 88 pmol/mkl, молярная масса 5530) нужно взять чтобы финальная концентрация в объеме 0,2 мкл была от 0,1 до 0,5 мкМ. Зарание благодарен